L'une des idées fondatrices de Protocode est d'automatiser l'installation des projets, de manière à ne dépenser ce temps qu'une fois, plutôt que de réitérer cette étape à l'arrivée de chaque nouveau développeur, ou au remplacement d'une machine.
Pour ce faire, vous disposez d'interfaces vous permettant pas à pas de configurer votre projet, de la réception du code source à la virtualisation, mais aussi d'y intégrer des scripts d'initialisation.